一、全文中的“领购”修改为“领用”
根据现行规定，税务机关在纳税人领用发票时不再收取税务发票工本费，此次修改统一将《办法》全文中的“领购”修改为“领用”。
二、明确“电子发票”的法律地位和法定效力，增加发票类型内容。
三、增加身份验证的要求
为保护用票单位和个人合法权益，防范非法冒用身份领开发票违法行为，此次修改在“发票领用、发票开具和发票代开”业务中增加身份验证的要求。
四、增加“风险级别”作为发票核定的判断依据之一
发挥税收大数据优势，改变原来单纯依据经营范围和规模进行发票核定的局限性，将第十五条第一款修改为“主管税务机关根据领用单位和个人的经营范围、规模和风险级别”，增加“风险级别”作为发票核定的判断依据之一，以此提高发票核定的精准性。
五、发票领购簿、发票登记簿将退出历史舞台
《行政诉讼法》修订后，已明确电子数据作为合法证据的法律地位，发票领用、缴销等数据信息及时存储在税务信息系统中，供税务机关及用票单位和个人查询使用，不再需要通过纸质发票领购簿、发票登记簿记录发票信息。
六、明确发票领用流程的办理时限
为保障纳税人合法权益和用票需求，提升服务质效，一是将第十五条第一款中“在5个工作日内发给发票领购簿”修改为“在5个工作日内确认领用发票的种类、数量以及领用方式”，明确发票领用流程的办理时限；二是在第十五条第一款增加“并告知领用发票的单位和个人”，明确税务机关的告知义务。
七、对异地经营领用发票已不再要求提供保证人或收取发票保证金。
八、增加作废纸质发票和开具红字发票的规定及罚则。
为保障受票方合法权益，防范涉票风险，增加作废纸质发票和开具红字发票的规定及罚则：一是在第二十条第二款增加“开具纸质发票后，如需作废发票，应当收回原发票并注明‘作废’字样；如需开具红字发票，应当收回原发票注明‘作废’字样或取得对方有效证明。开具电子发票后，如需开具红字发票，应当取得对方有效证明”；二是在第三十四条增加“未按照规定作废发票或开具红字发票的”作为第十项。
九、明确仅纸质发票须加盖发票专用章的要求。
十、发票保存期满后不再需要报经税务机关查验后销毁
适应税收现代化管理要求，减轻纳税人的负担，删除第二十八条中“保存期满，报经税务机关查验后销毁”。
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